Содержание

Folding@home

Цели

Цель проекта — получение более точного представления о болезнях, вызываемых дефектными белками. Изучаются белки, имеющие отношение к болезни Альцгеймера, Паркинсона, диабету типа II, коровьему бешенству и склерозу. Поняв, почему возникают дефекты в белках одного типа, ученые смогут выяснить, почему это происходит и с другими белками.

Авторы

Проект проводится учёными Стэнфордского университета.

Результаты

Как пишет журнал Nature, информация, полученная проектом Folding@home при моделировании протеина BBA5, очень точно совпала с данными проводимых ранее лабораторных экспериментов. Необычным в данном эксперименте было то, что протеин BBA5 широко изучался и в Folding@home, и традиционным способом, в лабораториях(подробнее: Stanford, Nature, UPI, MSNBC, BBC, Slashdot, Planetary Society).

Кроме того, в рамках проекта был создан первый в истории искусственный белок, который никогда не существовал в природе. «Top7 стал первым синтетическим протеином, созданным «с нуля» на компьютере, и только позднее полученным в лаборатории. В реальности, форма молекулы в точности соответствует модели в компьютерной программе.» Подробнее...

В мае 2004-го проект успешно провёл эксперимент по моделированию влияния молекул воды на процесс сворачивания белков.

В январе 2005-го руководителями Folding@home были опубликованы первые результаты исследований в области борьбы с раком.

«Мы изучали подавляющий развитие опухолей белок p53, и недавно опубликовали результаты этих исследований. Насколько мы знаем, это первый случай, когда какой-либо проект распределённых вычислений публикует результаты исследований в области рака, одновременно открывая их для «peer review», то есть для проверки и оценки другими учёными. Мы благодарим всех участников Folding@home за их поддержку. Этот результат - лишь начало целой серии наших публикаций о результатах исследования раковых заболеваний. Суть результата исследований лучше всего объяснена в самой публикации. Примерно половина всех известных раковых заболеваний происходят из-за мутаций в белке p53. Нашей первой задачей было рассмотреть область тетрамеризации p53. Исследовав способы сворачивания протеина p53 мы смогли предсказать, какие из возможных мутаций его аминокислот являются наиболее важными. Сравнив эти данные с результатами экспериментов мы обнаружили, что наши предсказания согласуются с полученными в лабораториях результатами, и дают возможность по-новому интрепретировать существующие данные.»

Все желающие имеют свободный доступ к результатам проекта. На сайте выкладываются все публикации, ролики смоделированных процессов, и т.п.

Клиент

Клиент состоит из двух частей: оболочки, и расчётного ядра. Существуют графическая и консольная версии клиента. Отличаются они только оболочкой, ядра используются одни и те же.

Большинство из расчётных ядер (GROMACS, DGROMACS) оптимизированы под расширенные наборы инструкций — SSE, 3DNow!, SSE2, SSE3.

Доступны программы для расчётов на следующих платформах:

Готовится версия клиента под распределённую платформу BOINC.

Раз в несколько десятков часов программа отправляет обработанные данные на сервер, и получает на обработку новый блок данных. Если у вас нет постоянного подключения к Интернету, не беда: используя программу UD Monitor можно получить сразу несколько блоков, после чего отключиться от сети и обрабатывать их один за другим.

Особенности

Проект отличается чётко определённой позицией по вопросу избыточности. По сообщениям руководителей проекта, каждый юнит обрабатывается, для проверки корректности результатов, не более чем тремя различными участниками. Кроме того, существуют четко установленные дедлайны, «таймауты» для различных типов юнитов (около 10-30 дней). Руководители предупреждают, что хотя сервер и начислит очки за юниты, не вернувшихся за отведенное для их обработки время, пользы проекту они не принесут (так как уже будет высланы другим участникам). Вот что по этому поводу пишет глава проекта, Vijay Pande:

«Прежде всего мы хотели бы получить результаты, а не просто обработать огромное количество юнитов. И хотя другие проекты распределённых вычислений имеют больше ресурсов, они используют их КРАЙНЕ неэффективно. Конечно, вы можете сказать что это нормально… но я думаю вам решать, как вы относитесь к бесполезной трате вашего процессорного времени.»

Однако, существует несколько типов юнитов, для которых, благодаря особенностям моделируемых процессов, дедлайны отсутствуют. Если у вас медленный компьютер, и он не успевает посчитать обычные юниты, вы можете переключить клиента в режим обработки только бездедлайновых юнитов, и таким образом продолжать приносить пользу проекту.

Другие страницы об этом проекте

Ссылки


pro/fah.txt · Последние изменения: 2008-06-01 20:00 Dr.No
Personal Tools